长期以来，县域经济主要依赖于包括低土地成本、低社会福利成本等低成本优势的发展模式，但随着土地、原材料等生产成本的增长，这种低成本的发展模式难以持续。近年来在“用工荒”蔓延、剩余劳动力“探底”的驱动下，农民工工资持续上涨，企业用工成本不断上升，长期依赖廉价劳动力实现经济增长的模式亦难以为继。与此同时，随着我国经济已由高速增长阶段转向高质量发展阶段，对经济发展质的要求越来越高，这使得县域产业的发展面临多方面的挑战。
基础设施是经济增长、产业发展的前提条件和必要基础，良好的营商环境可以促进资源在市场中的合理配置、降低交易成本。新中国成立后我国农村的面貌发生根本性改变，尤其是实施精准扶贫以来，我国实现了现行标准下农村贫困人口的全部脱贫，消除了绝对贫困和区域性整体贫困，创造了又一个彪炳史册的人间奇迹。与此同时，县域的基础设施得到了一定程度的改善，道路交通、管网设施等市政基础设施不断提档升级。但相对于大城市、沿海地区，我国一些县域仍然面临着财政资金紧张带来的基础设施相对落后的现象，基础设施薄弱、营商环境不佳成为制约县域经济高质量发展的重要瓶颈。
产业结构不合理影响了县域产业的高质量发展。在县域产业结构中，农业、林业、牧业、渔业等第一产业在县域经济总量中占比较大；第二产业则以农、林、矿产品的初加工为主，产品的技术含量和附加值较低；第三产业则以传统服务行业为主，现代服务业、高端服务业占比较低。产业结构和空间布局不合理、规模小、缺乏特色产业等是县域产业结构的普遍现象，先进制造业比重偏低、高新技术产业和战略新兴产业发展滞后一定程度上影响了县域产业的高质量发展。
缺乏特色产业、知名产业，制约了县域产业的高质量发展。长期以来，一些地方忽略地区资源禀赋和产业基础，不注重利用当地的特色资源禀赋发展特色产业，导致了资源特色市场开拓不足，特色产品深加工能力不高，品牌优势不凸显，产业缺乏特色。此外，为追求县域经济的增长，县级政府对低端产业发展的扶持，造成产业重叠现象较为普遍，资金、人才、技术流失进一步加剧了县域产业的低端化。部分县域开发区的建设未能形成自身的发展特色和独特的竞争优势，特色产业缺乏、同质化竞争一定程度上阻碍了县域产业结构的转型升级，带来的负面影响不可忽视。
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